دفتر طالب الدكتوراه يحدد كيفيات متابعة وتقييم الطالب. يقوم مسؤول لجنة التكوين في الدكتوراه والمشرف على الأطروحة بتسجيل النشاطات العلمية للطالب في الدكتوراه (منشورات، مداخلات…الخ) وتدون ملاحظات لجنة متابعة الطالب في الدكتوراه خلال كل يوم دراسي خاص بالتقييم.

كما يتضمن دفتر طالب الدكتوراه على ميثاق أطروحة الدكتوراه.

يعتبر ميثاق الأطروحة دللا مرجعياً، يقنن الاتفاق المبرم ما بين طالب الدكتوراه، والمشرف على الأطروحة ومسؤول لجنة التكوين في الدكتوراه ومدير مخبر دعم التكوين، يهدف الميثاق إلى تحديد مسؤولية الشركاء والتعريف بحقوق والتزامات كل طرف، يمضي الأطراف على الميثاق، عند التسجيل الأول لبداية التكوين، ويعتبر بمثابة التزام قوي بين الأطراف رغم أنه يفتقد للإلزامية القانونية التعاقدية.